Tutto ha inizio quando un ingegnere giapponese crea l'IS, Infinite Stratos, un potente esoscheletro multifunzione in grado di compiere azioni mirabolanti e di poter diventare un grosso rischio per la pace mondiale viste le sue potenzialità combattive molto più sviluppate e avanzate rispetto alle armi convenzionali.
Per questo viene stipulato un accordo, il Trattato dell'Alaska, che vieta l'utilizzo militare dell'IS e permette a tutte le nazioni di accedere alla sua tecnologia.
Questo fa si che il rischio di una escalation militare venga a cessare ma non impedisce che l'equilibrio sociale fino a quel momento presente venga stravolto. Infatti l'IS, che prende rapidamente piede, può essere pilotato solo dalle donne che, per questo motivo scalano rapidamente le scale del potere surclassando i maschietti (che non possono neanche ricorrere alle quote azzurre).
Dieci anni dopo la creazione dell'IS, però, accade una cosa che rimescola tutte le carte. Un ragazzo, Orimura Ichika, infatti accidentalmente riesce ad avviare un IS scoprendo così che è l'unico ragazzo in grado di pilotarne uno.



